子午是天干十數（甲乙丙丁戊己庚辛壬癸）與地支十二數（子丑寅卯辰巳午未申酉戌亥）的兩數。以時辰來說，子時為夜半十一時至一時，午時為中午十一時至一時，在此子午是泛稱時辰、陰陽、方位等含義。流注指狹義的氣血運行，到廣義的自然界流動轉注，乃至於宇宙萬物的變化皆可。所以，「子午流注」主要是考慮自然界氣候及時空等週期變化對人體血氣運行的影響，來進行針灸治療。

子午流注針法，首先要將病人來診治的年、月、日、時推算出來，再將五俞穴配合陰陽五行，天干地支配合臟腑時辰，推演應當選用的穴位予以治療。其推演又有以天干配合臟腑的「納干法」，或地支配合臟腑的「納支法」兩大類。應用包括：逐日按時開穴、逐日按穴定時、合日互用開穴及兼用十二經母子補瀉穴。其治療規律乃是古代針灸師長期實驗與豐富經驗歸納出來，使後世醫者得以按圖索驥、簡單易行的方法。 （中醫部內科系醫師　顏宏融）

子午流注是指人體氣血在臟腑經脈中運行，如水流般的流行灌注，而且這種流行灌注，受年、月、日、時的影響，從午時到子時，又從子時到午時，隨著時間的不同，天地間陰陽二氣的消長，人體臟腑經脈氣血的生理功能也隨之出現周期性的盛衰開合變化。

子午流注者，謂剛柔相配，陰陽相合，氣血循環，時穴開闔也。何以子午言之？曰：子時一刻，乃一陽之生；至午時一刻，乃一陰之生，故以子午分之而得乎中也。流者，往也。注者，住也。

古籍《靈樞》：「經脈流行不止，與天同度，與地同紀。

中醫學的宇宙觀著重天、地、人合一。人體的健康，受氣節變化、地理環境、以致時間運轉的影響。每日的十二時辰(每兩小時為一時辰)與人體的十二條經脈息息相關，而經脈又與人體的五臟六腑相配。
三者的關係如下：

根據「子午流注」的定律，如果經常在某時辰感到某臟腑不適，可能是該臟腑受病邪入侵，或較虛弱所致。不過，由於臟腑互相影響，問題可能出於其他臟腑。

舉例說明

病症 ：頭痛、目赤、失眠、脾胃不適、消化不良
問題 ：工作、應酬繁忙，經常半夜兩、三點才睡
解釋 ：晚上十一時至凌晨三時行的是膽經及肝經。若該段時間不休息，肝火便會上升，以致頭痛充血、感到不適。同時由於肝氣上升，影響脾胃，因而感到胃痛。

以陰陽五行來解釋，肝屬木，脾屬土，木剋土，因此肝若不適，胃脾亦有問題。

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